3. 解說唯識宗的系統
科判如前，分為七項而說明：3-1.定義。3-2.分類。3-3.語詞解釋。3-4.對境的主張方式。3-5.有境的主張方式。3-6.無我的主張方式。3-7.地道的建立。
唯識宗有一個主要的重點就是——唯識宗的「唯」字顯示何種要義？何以名為「唯識」？「唯識」即顯示「諸法唯由心的體性而成立、非外境成立」。如是，此中「唯」字顯示一個成立義，以及一個遮止義——所成立是「諸法唯由心的體性而成立」，所遮止是「外境成立」。
唯識宗主張「諸法唯由心的體性而成立」、不承許「外境成立」，如其「唯」字即顯示「遮止外境成立」；但是，毗婆沙宗、經部宗承許外境成立，因此，唯識宗與下二部宗辯論時的諍論處就「是否承許外境成立」。再者，唯識宗與中觀宗的諍論處則是「是否承許諦實成立」或說「圓成實是否諦實成立」，此外，唯識宗與應成派的諍論處是「是否成立自證、是否有自證」。
3-1. 定義
「不承認『外境』並且主張『自證識是諦實成立』之說大乘宗義的補特伽羅」就是「唯識宗」的定義。唯識宗、唯表宗（唯明宗）、瑜伽行派三者同義。
唯識宗的定義中，有三分要件：不承許外境、主張自證是諦實成立、說大乘宗義之補特伽羅。
1. 其定義中安立「不承許外境」，即遮除毗婆沙宗、經部經是唯識宗，因為下二部宗主張外境成立。
2. 其定義中安立「自證是諦實成立」，即遮除中觀宗是唯識宗，因為中觀宗不承許諦實成立，中觀宗主張「諸法非諦實成立」，然唯識宗承許自證是諦實成立。
3. 其定義中安立「說大乘宗義之補特伽羅」，即顯明自宗是承許「法無我」之宗義師。因為，「小乘宗義」與「大乘宗義」的主要差別就是在於——「不承許法無我」是小乘宗義，「承許法無我」則是大乘宗義。如是，所謂「說大乘宗義之補特伽羅」，可從「見」與「行」二方面作理解：（1）見解上必須是承許法無我；（2）行為上必須具足慈悲、菩提心。必須具足如是見、行二分才堪能成為「說大乘宗義的補特伽羅」，僅有一分則不成。
唯識宗、唯表宗、瑜伽行派是同義。所謂「唯表宗」，此處藏文上所用的「表」字也是「心識」的另一種文字用詞，就是意謂「了知的行相」，也就是指「心」。所以，所謂「唯表宗」也可說為「唯明宗」。如是，唯識宗、唯表宗（唯明宗）、瑜伽行派是相同的意義。
唯識宗的根源，唯識宗主要是依據第三轉法輪；附帶略標，三轉法輪的所化機與所詮。
下二部的毗婆沙宗、經部宗主要是依據初轉法輪的經典，初轉法輪宣說「諸法自性成立」，或說宣說「諸法諦實成立」。唯識宗主要是依據第三轉法輪的經典，第三轉法輪宣說「遍計執自性不成立，依他起與圓成實自性成立」。中觀宗主要是依據第二轉法輪的《般若經》，第二轉法輪宣說「諸法非自性成立」或說宣說「諸法非諦實成立」。
唯識宗的起源是如何？佛陀經教之詮釋，主要依據二大車軌——中觀大車軌、唯識大車軌。釋迦世尊授記二大車軌之創軌師——中觀創軌師龍樹菩薩，唯識創軌師無著菩薩。因為，龍樹菩薩以所造《理聚六論》表述中觀見解，無著菩薩以所造《五地論》（瑜伽師地論）表述唯識見解。又，無著菩薩主要也是根據佛陀第三轉法輪《解深密經》或《三摩地王經》而表述唯識見解。
佛陀三轉法輪，初轉法輪是小乘（聲聞乘）不共經教，因為主要所化機是毗婆沙宗及經部宗的宗義師。這種說法是依據第三轉法輪《解深密經》的「勝義生菩薩請問品」，其中有說——初轉法輪清凈安立小乘。此處所說的「小乘」並不是「聲聞獨覺種性行者」，而是指「小乘宗義師」，也就是毗婆沙宗、經部宗之下二部宗義師。
唯識宗承許第二轉法輪、第三轉法輪是大乘不共經教，因為第二轉法輪有宣說中觀不共見解，第三轉法輪宣說唯識不共見解，這也是依據《解深密經》。如前說，《解深密經》中說初轉法輪清凈安立小乘，同樣的，《解深密經》中也說第二轉法輪清凈安立大乘。其中，第二轉法輪的所化機有中觀宗義師，中觀宗分為自續派與應成派，所以，第二轉法輪的所化機可分為「直接所化機」與「間接所化機」，這部分於此暫不多作解釋。
以唯識宗來說，唯識宗也承許第二轉法輪是大乘的不共經教，但是，唯識宗將第二轉法輪的所化機分為「字義的所化機」與「內義的所化機」。字義的所化機是中觀宗，因為第二轉法輪的字面上直接闡述「諸法不是自性成立」，這是唯識宗不承許的。內義的所化機，唯有唯識宗，因為唯識宗認為第二轉、第三轉法輪的所詮是相同，以所詮的內義而言就是針對唯識宗所宣說，故唯識宗是內義的所化機。要言之，唯識宗也承許第二轉法輪是大乘經教，但所化機分為「字義的所化機」與「內義的所化機」，中觀宗是前者，唯識宗是後者。
唯識宗認為，第二轉法輪的主要所化機是唯識宗。何以故？因為第二轉法輪的主要所詮之內義完全符合唯識宗見解，因為唯識宗是以「三種無自性性」之理而解釋第二、第三轉法輪，所以，唯識宗認為第二轉法輪的主要所詮也是三無自性性——遍計執相無自性性，依他起生無自性性，圓成實勝義無自性性。因此，他們認為第二轉法輪的主要所化機是唯識宗。
唯識宗認為，第二轉法輪的所化機是「唯識宗利根者」，第三轉法輪的所化機則是「唯識宗鈍根者」。何以故？因為唯識宗認為，第三轉法輪是解釋第二轉法輪的密意，第二轉法輪的密意於第三轉法輪時才被完整的闡述，所以第二轉法輪、第三轉法輪的所詮是相同。那麼，為何第二轉法輪的所化機是唯識宗利根者？因為，他們觀察第二轉法輪字面上的所詮就能了解三無自性性，而不需再依靠第三轉法輪闡述三無自性性，故是唯識宗利根者。但是，第三轉法輪的所化機，則是未能直接了解第二轉法輪的密意，而必須依靠解釋第二轉法輪的經教，也就是依靠第三轉法輪才能了解第二轉法輪的內義，如是，相較於第二轉法輪的所化機，第三轉法輪的所化機是唯識宗鈍根者。
關於第三轉法輪，中觀宗祖師有不同的承許。見解方面，中觀宗承許第三轉法輪是唯識宗的不共經教，第三轉法輪的所化機是唯識宗；而唯識宗也認同第三轉法輪是自宗的不共經教。還有另外一種說法，中觀宗認為第三轉法輪是共通經教——因為所化機有小乘也有大乘，故是共通經教。這是依據《解深密經》中有說「第三轉法輪清凈安立一切乘」，所以第三轉法輪是共通乘，因為所化機有大小乘的緣故。
唯識宗主要依據第三轉法輪的《解深密經》或《三摩地王經》。宗喀巴大師抉擇唯識宗見解，主要依據慈氏菩薩所造《慈氏五論》1之中的《經莊嚴論》。一般說《慈氏五論》中有二「莊嚴論」——《經莊嚴論》與《現觀莊嚴論》，不過表述唯識宗見解是依據《經莊嚴論》，而不是依據《現觀莊嚴論》。另外，《辨法法性論》與《辨中邊論》也是屬於唯識宗見解的論典。如是，以慈氏菩薩的著作而言，唯識宗見解主要就是依據《經莊嚴論》、《辨法法性論》、《辨中邊論》。再者，無著菩薩所造《五地論》，五部地論中主要是依據《慈氏五論》與二部攝論而解釋唯識宗見解。
五部大論的見解各自所屬的宗義部派
《釋量論》是共經部與唯識宗見解。
《現觀莊嚴論》有八品，主體是以自續派為主，最主要是瑜伽行自續派的見解。《地道建立》與《現觀莊嚴論》及其釋論都是以瑜伽行自續派見解而表述，如《現觀莊嚴論》闡述聲聞、獨覺、大乘的主要所修，其中有說——獨覺的主要所修是不承許外境有，承許二相隱沒（也就是無外境有）。如是，是「自續派」且是「不承許外境有」就是瑜伽行自續派。
《俱舍》與《戒論》主要是一切有部、經部宗的見解。
《入中論》就是中觀宗見解，其中主要是應成派見解。所以，學習上主要就是依據宗喀巴大師的《入中論善顯密意疏》，而《入中論善顯密意疏》或《入中論》主要就是闡釋龍樹菩薩的《中觀根本慧論》。
《現觀》釋論中闡述阿賴耶識、了不了義、種性是以唯識見解而說。
1.《現觀》中表述「阿賴耶識」是屬於唯識宗見解。因為，唯有唯識宗承許阿賴耶識，毗婆沙宗、經部宗、中觀自續派、中觀應成派都是承許六識，只有唯識宗承許八識。八識——前五根識、第六意識、第七末那識（第七染污識）、第八阿賴耶識。第八阿賴耶識是有的，執持阿賴耶識之我執即是第七染污識。如是，《現觀》中闡述「阿賴耶識」是屬於唯識宗見解。
2.《現觀》中有說「了不了義」的內容，這是依據第三轉法輪而表述，故是屬於唯識宗見解。第三轉法輪《解深密經》的「勝義生菩薩請問品」中，勝義生菩薩請問佛陀——為何初轉法輪時宣說諸法諦實有，第二轉法輪則宣說諸法諦實無？如是，佛陀便於第三轉法輪時，闡釋初轉法輪與第二轉法輪所說無相違，以及不相違的原因。又如前說，唯識宗、中觀宗都承許第三轉法輪是唯識宗的不共見解。如是，《現觀》的論述中闡述「了不了義」的內容是屬於唯識宗見解。
應成派是依據《無盡慧經》抉擇了義與不了義。如宗喀巴大師所造的《辨了不了義善說藏論》，其主要科判有二：一、依止《解深密經》。二、依止《無盡慧經》。
唯識宗主要依據《解深密經》抉擇了義與不了義。初、中、後三轉法輪所說是否相違？唯識宗是依據《解深密經》而解釋初轉法輪作彼宣說的理由、第二轉法輪作彼宣說的理由，因為，第三轉法輪是進一步解釋前二轉法輪的所詮義，其時，世尊所說的密意實則不相違。
應成派則依據《無盡慧經》抉擇了義與不了義。依據《無盡慧經》之了不了義，就是屬於中觀宗的見解。
如是，以學習《現觀》及其相關釋論而言，如依據福稱大師所造釋論，在第一品中的「法輪」單元中有闡述「了義與不了義」，其中有說法輪分為初轉法輪、第二轉法輪、第三轉法輪，也有解釋各自的性相，並且由此引申說明三轉法輪看似相違，實則不相違，便以唯識宗見解闡述「了義與不了義」，而解釋初轉與第二轉法輪的密意無相違。其後，在學習中觀宗見解的階段中，則是依據《無盡慧經》而闡述了不了義，這是屬於應成派的見解，所以，學習中觀宗見解是以應成派作為主要的宗見。
為何說《現觀》中有闡述法輪？
如《現觀莊嚴論》的皈敬頌——
求寂聲聞由遍智 引導令趣最寂滅
諸樂饒益眾生者 道智令成世間利
諸佛由具種相智 宣此種種眾相法
具為聲聞菩薩佛 四聖眾母我禮敬
《現觀莊嚴論》的皈敬頌中，「所皈敬者」不同於其他的論典。其他的論典，或有皈敬一切諸佛菩薩，或有皈敬文殊師利菩薩，《現觀莊嚴論》則是皈敬「三智」——基智、道智、一切遍智。也就是皈依禮敬——聲聞、菩薩、佛心續中的智，主要是皈依禮敬聖者心續中的智。
其皈敬的對象是三智，這是以所依、方便、果之三理門而安立——
基智的所依——哪一種補特伽羅修基智？修基智的所得果，是什麼？
道智的所依、修道智者是誰？修道智之後的所得果，是什麼？
一切遍智的所依補特伽羅是誰？修一切遍智之後的所得果，是什麼？
1. 頌文：「求寂聲聞由遍智，引導令趣最寂滅。」即是顯示——基智的所依、方便、果。
求寂聲聞——直接顯示：基智的所依是聲聞乘行者。間接顯示：包含獨覺乘行者。「求寂」就是希求寂靜樂，也就是希求解脫，因為獲得解脫即能獲得寂靜樂。聲聞、獨覺乘行者所希求的就是寂滅，也就是解脫。
由遍智——顯示：所依之方便是基智。此處的「遍智」意謂「基智」並不是指「一切遍智」，因為，藏文上「遍智」與「基智」兩個語詞是同義。
引導令趣最寂滅——顯示：所得最寂滅果。聲聞獨覺乘行者所希求的最寂滅之果就是無餘涅槃。
如是，希求涅槃寂靜之聲聞獨覺乘行者，以修遍智（基智）之方便，才能獲得完全斷除苦諦與集諦之無餘涅槃。要言之，基智的所依是聲聞獨覺乘有學行者，彼等補特伽羅以修基智之方便，才能獲得阿羅漢果。
2.頌文：「諸樂饒益眾生者，道智令成世間利。」即是顯示——道智的所依、方便、果。
諸樂饒益眾生者——顯示：道智的所依是菩薩乘行者。菩薩乘行者主要是希求能饒益一切眾生。
道智令成世間利——如文「道智」顯示：所依之方便是道智。又如文「令成世間利」顯示：以修道智之方便所得究竟果——成辦世間有情利樂。
如是要言之，菩薩乘行者依於道智之便才能成辦世間有情的利樂之果。
3.頌文：「諸佛由具種相智，宣此種種眾相法。」即是顯示——一切遍智的所依、方便、果。
諸佛由具種相智——顯示：所依是諸佛、方便是一切遍智。諸佛是以一切遍智作為方便。其中特別以「一切遍智」而說，何以故？因為，轉法輪之主要不共增上緣就是一切遍智，而不是基智、不是道智。
宣此種種眾相法——顯示果是「宣說八萬四千法蘊」，也就是轉法輪。
藏文上所說的次序，則不同於中文上的翻譯。藏文上第一句是「由具種相智諸佛」，其中是先說「由具種相智」而顯示「方便」——一切遍智；其後才說「諸佛」而顯示「所依」——具一切遍智的諸佛。第二句則如同中文上翻譯為「宣此種種眾相法」，即是顯是「果」——成辦能宣說八萬四千法蘊、轉法輪。如是，藏文上是依次顯示方便、所依、果。
4. 頌文：「具為聲聞菩薩佛，四聖眾母我禮敬。」如文所說「具為聲聞菩薩佛」，其中直接顯示聲聞、間接顯示獨覺，如是說四種補特伽羅——聲聞眾、獨覺眾、菩薩眾，以及諸佛。因此，第二句中翻譯為「四聖眾母」，但在藏文上則是沒有「四」字。
「聖眾母」意謂聲聞眾之母——基智；菩薩眾之母——道智；諸佛之母——一切遍智。基智是聲聞獨覺的能生因，聲聞獨覺乘行者以修基智而成辦阿羅漢果，是故，基智是能生聲聞獨覺聖眾之母。菩薩乘行者以修道智而成辦利益一切有情安樂之果。諸佛以修一切遍智而能成辦轉法輪之果。
如是，《現觀》中有表述「法輪」，如論中皈敬頌第三句：「宣此種種眾相法。」即顯示轉法輪。諸佛有一切遍智，以一切遍智作為不共增上緣即能宣說種種法門，也就是宣說八萬四千法蘊，也就是轉法輪。所以，釋論中就是由此闡述法輪。
闡述法輪時，則說法輪的體性與分類。法輪分為二：教法輪、證法輪。其中，教法輪又分為：初轉四諦法輪、第二轉無相法輪、第三轉善辨法輪。並且，也有闡述初轉四諦法輪、第二轉無相法輪的內容。又，因為初轉與第二轉法輪的語詞字面上看似相違，因此便有第三轉善辨法輪，所以釋論中也解釋初轉與第二轉法輪時世尊所說的密意無差別。如是，第三轉善辨法輪的主要所化機是唯識宗，因此，福稱大師在造論中闡述法輪時，便是以唯識宗的見解而闡述了不了義。
總之，關於了不了義，首先是由《現觀莊嚴論》的皈敬頌而引申闡述法輪，釋論中且以唯識宗見解而說了不了義。在完成學習《現觀》之後，學習中觀課程時，則說中觀宗所承許的了不了義。所以，日後再透由學習《現觀》中闡述了不了義、一切遍智、阿賴耶識等相關內容，也就能更清楚唯識宗的見解。
〔有問〕：經部宗、唯識宗各自所承許的「諦實成立」有何差別？
經部宗認為，若是諦實成立一定是事物、無常的法類。也就說，必須是「具有作用者」才是諦實成立（具有作用者、諦實成立互相周遍）。要言之，經部宗所承許的諦實成立一定是無常的法類。
但是，唯識宗所承許的諦實成立不一定是「具有作用者」，如補特伽羅無我、法無我是圓成實，圓成實是諦實成立，但不是事物、不是無常的法類，以及滅諦也是諦實成立。唯識宗將諸法攝為三自性：依他起、圓成實、遍計執。彼三者分為「非自性成立」與「自性成立」。遍計執非自性成立。依他起、圓成實自性成立；其中，依他起與無常、事物是同義，圓成實是空性如二種無我
如是，經部宗所承許的諦實成立範圍較小（僅是無常的法類），唯識宗所承許的諦實成立則範圍較大（無常的法類、二種無我、滅諦等）。
〔有問〕：唯識宗是否承許自證有二顯？
唯識宗認為「自證是二相隱沒」。所謂「二相隱沒」容有二種解釋——
1. 聖根本定智的二相隱沒。這是意謂「世俗相隱沒」或說「世俗法的自相隱沒」。聖根本定智中不顯現任何世俗法行相，故是二相隱沒。
2.自證的二相隱沒。這是意謂「『境』與『有境』相異的行相隱沒」，不同於聖根本定智的二相隱沒。如宗喀巴大師的《辨了不了義善說藏論》中說「自證也是二相隱沒」。不同於此，執青色根現前則是具二相、有二顯，因為是具有二種相。
〔有問〕：所謂「執青色根現前具二相」，這是什麼意思？
執青色根現前是「具二顯」，因為是「顯現『境與有境二者為相異』之行相」，也就是說，執青根現前顯現青色時是「顯現青色為外境成立」，故是具二顯。如何說「顯現為外境成立」？執青色根現前顯現青色時，青色不觀待執青色根現前而由外在成立，也就是說我們覺得青色是外在成立的，這也就是顯現「執青色根現前與青色二者有距離的存在」，這就稱為二顯。
所謂「執青色根現前『顯現青色為外境成立』」，或說「執青色根現前『顯現執青根現前與青色二者有距離的存在』」，或說「執青色根現前『顯現執青色根現前與青色二者是質相異』」，這三種表達方式的意義是相同。如前說唯識假相派主張，凡夫的執色根現前顯現粗分色被無明習氣染污，其中所說「顯現粗分色」就是意謂「顯現色外境成立」，這些都是同義。
〔有問〕：所以，「青色」與「執青色根現前」應該是體性一嗎？
以唯識宗而言，境與有境二者是體性一。如前說，唯識宗的「唯識」就是自宗主張「諸法由心的體性所成立」，所以，「境」與「有境」二者是體性一。諸法由心的體性所成立，這不是說「唯心的體性〝所現〞」，不是說由心之總相的體性〝所現〞。如青色是由執青色眼識的體性所成立，所以，青色與執青色眼識二者是體性一，如同唯識宗不承許外境成立。主張「外境成立」的宗義師則認為「境與有境一定是質異」，而不是質一。唯識宗不承許青色與執青色根現前是因果關係，這也是與下部宗最大的差異處。